Penataan tiga pulau di dalam kawasan Taman Nasional Komodo tetap mengedepankan kelestarian ekosistem setempat. Semua pohon dan tumbuhan lain diidentifikasi satu per satu agar tidak satu pun punah.

Pembangunan ”jurassic park” di Pulau Rinca di dalam kawasan Taman Nasional Komodo, Labuan Bajo, Pulau Flores, Nusa Tenggara Timur, dinilai bakal menghilangkan keunikan kekayaan alam Manggarai Barat, Flores.

Komodo, hewan endemik Indonesia yang pernah jadi cendera mata bagi tamu negara pada era Orde Baru, mengalami ancaman serius lainnya, yaitu ketidakseimbangan ekosistem dan ledakan pengunjung wisata yang tidak terkendali.