Wakil Presiden Jusuf Kalla membandingkan kondisi keamanan di Aceh dan Papua yang sama-sama mendapat status otonomi khusus. Meskipun mendapatkan keistimewaan dari pemerintah dibandingkan provinsi lain, terutama soal anggaran, hasil upaya pemerintah di Aceh dan Papua dalam mengatasi ketidakpuasan masyarakat berbeda.