BPKP menemukan ada lima permasalahan pada pengelolaan dana otonomi khusus Papua. Permasalahan itu di antaranya alokasi tidak tepat sasaran serta pengadaan barang dan jasa yang tidak tepat.

Kendati hasil evaluasi menunjukkan pengelolaan dana otonomi khusus Papua belum baik dan tidak tepat sasaran, pemerintah tetap mengusulkan kenaikan dari 2 persen menjadi 2,25 persen dari total dana alokasi umum.