Kiprahnya yang cemerlang di organisasi keagamaan dan DPR RI membuat seorang Zainut Tauhid Sa’adi ditunjuk oleh Presiden Joko Widodo sebagai Wakil Menteri Agama RI. Sebelum bekerja bersama Yaqut Cholil Qoumas atau Gus Yaqut di Kemenag RI, ia mendampingi Menteri Fachrul Razi sebagai Wamenag.