Berbekal posisi sebagai penyidik PNS, Rafael diduga menerima gratifikasi dari wajib pajak dengan laporan perpajakan yang tak sesuai dengan ketentuan. Praktik itu dilakukan sejak 2011.

Menteri ESDM Arifin Tasrif membenarkan adanya indikasi penyimpangan tunjangan kinerja di institusi yang dipimpinnya. Ia juga membenarkan dugaan keterlibatan sejumlah pegawai internal di Kementerian ESDM dalam kasus itu.