Ancaman lewat surat kaleng, telepon, paket bom, beragam tindak perusakan, bahkan penculikan telah lama dialaminya sejak ia mendampingi berbagai kasus buruh di Jawa Timur.

Munir dan beberapa aktivis HAM mendirikan Kontras, Komisi untuk Orang Hilang dan Tindak Kekerasan, untuk mengakomodasi laporan masyarakat. Langkah yang membuat Munir kemudian dikenal sebagai ”Pahlawan Orang Hilang”.